После смерти Леонардо да Винчи все рукописи достались его любимому ученику Франческо Мельци. Мельци бережно хранил их до самой своей смерти в 1579 году. Его потомки, однако, не испытывали столь трепетного отношения к рукописям и продавали отдельные страницы различным коллекционерам или попросту раздавали их своим друзьям.
   В 1630 году рукописи попали в руки Помпео Леони, скульптора при дворе короля Испании, который попытался отсортировать их по темам. К сожалению, это привело лишь к тому, что хронология была полностью нарушена. Таким образом, большая часть разработок Леонардо была утеряна. Каждая отсортированная записная книжка получила название кодекс.
   Спустя время большая часть манускриптов разошлась по разным музеям, архивам и библиотекам по всему миру. Лишь одна записная книжка находится в руках частного коллекционера. В 1966 году в Национальной библиотеке Мадрида были случайно обнаружены две рукописи. На сегодняшний день известны десять кодексов Леонардо, представляющих собой собрание его заметок, записей, эскизов, рисунков и размышлений.

   Кодекс Арунделла
  Коллекция хранится в Лондоне, в Британской библиотеке. Она представляет собой рукопись в кожаном переплёте, в ней 238 листов разного формата, которые были вырезаны и удалены из других рукописей. Кодекс содержит исследования в области геометрии и архитектуры. Так, среди более поздних записей есть, например, исследования, связанные с проектом королевской резиденции Франциска I в Ромарантине, Франция.
Большинство страниц датированы 1480–1518 годами.

     Кодекс Форстер
  Кодекс хранится в Лондоне, в библиотеке музея Виктории и Альберта. Рукописи представляют собой три записные книжки: «кодекс Форстер I», «кодекс Форстер II» и «кодекс Форстер III». В них представлены исследования в области геометрии, физики и механики (сила тяжести и веса), а также чертежи гидравлических устройств, созданные Леонардо в разные периоды с 1490 по 1496 годы для «кодекса Форстер III» , с 1495 по 1497 года для «кодекса Форстер II» и в период между 1487 и 1490 по 1505 годы для «кодекса Форстер I».

     Кодекс Атлантикус
  Кодекс хранится в Милане в библиотеке Амброзиана. Содержит множество рисунков, большинство из которых датируются периодом с 1480 по 1518 год. Отражает все аспекты интересов Леонардо — от математики до геометрии, астрономии, ботаники, зоологии и военного дела. На сегодняшний день рукопись состоит из двенадцати томов в кожаном переплёте, включающих 1119 страниц разного размера. Название «Кодекс Атлантикус» связано с большим форматом листов, напоминающих атлас. Этот кодекс был создан приблизительно в конце XVI века скульптором Помпео Леони, который нарушил существующую хронологию рукописей, попавших ему в руки. Леони отделил все научные и технические рисунки, содержащиеся в кодексе, от натуралистических и анатомических рисунков, многие из которых сейчас являются частью королевской коллекции Виндзоров.

     Кодекс Лестера
  Кодекс был приобретён Биллом Гейтсом в 1995 году. Рукопись состоит из 64 листов в кожаном переплёте. В кодексе содержатся заметки в области гидравлики и исследования принципов движения воды. Рукопись датируется периодом с 1504 по 1506 год. На страницах кодекса также можно найти некоторые исследования в области геологии и астрономии.

     Кодекс Тривульцио
  Кодекс хранится в Милане в библиотеке Тривульцио Кастелло Сфорцеско. Состоит из 55 листов (в оригинале было 62 листа). Помимо исследований в области архитектуры и религии в рукописи содержатся страницы, свидетельствующие о невероятных усилиях Леонардо по литературному самообразованию. Большинство страниц датируются периодом с 1487 по 1490 год.

     Виндзорский кодекс
  Рукопись хранится в королевской библиотеке Виндзорского замка. Включает в себя 600 рисунков различной тематики и размеров. Рисунки посвящены исследованиям в области анатомии человека, географии и анатомии лошадей. Также кодекс содержит карикатуры и несколько карт. Рисунки были созданы в различные периоды жизни Леонардо, приблизительно между 1478 и 1518 годами.

     Трактат о полёте птиц
  Трактат хранится в Турине, в библиотеке Реале. Рукопись содержит 17 страниц (в оригинале было 18 страниц), посвященных преимущественно анализу принципа полёта птиц, а также вопросам воздушного сопротивления и воздушным потокам. Рукопись датирована приблизительно 1505 годом.

     Кодекс Ашбернхема
  Хранится в Париже во Французском институте. Кодекс представляет собой рукописи в картонном переплёте. Изначально они были частью кодекса А, откуда были удалены в XIX веке. Затем им были присвоены номера 2037 (ранее кодекс B) и 2030 (ранее кодекс А). Данная коллекция посвящена преимущественно живописи, а также содержит различные рисунки, с большей вероятностью относящиеся к периоду с 1489 по 1492 год.

     Французский кодекс
  Это собрание хранится в Париже во Французском институте. Данный кодекс содержит двенадцать рукописей разного размера, частично в пергаментном, частично в кожаном переплёте, некоторые записные книжки по-прежнему сохранились в картонном переплёте. Самым маленьким является Кодекс М (10 ? 7 см), а самым крупным Кодекс С (31 ? 22 см). Эти кодексы были обозначены буквами от А до M и содержали исследования в области военного искусства, оптики, геометрии, гидравлики и полёта птиц. Большинство страниц могут быть датированы предположительно периодом с 1492 по 1516 год.

     Мадридский кодекс
  Эти рукописи хранятся в Мадриде в Национальной библиотеке, где они и были обнаружены лишь в 1966 году. Кодекс представляет собой рукописи в переплёте из красной марокканской кожи. Материалы состоят из двух томов. Для более лёгкой идентификации они были названы «Мадридский кодекс I» и «Мадридский кодекс II». Большая часть страниц в Мадридском кодексе I содержит исследования Леонардо в области механики и датируется периодом с 1490 по 1496 год, в то время как Мадридский кодекс II посвящён исследованиям в области геометрии и датируется периодом с 1503 по 1505 год.